La estructura curricular de la MCTSS está organizada en cuatro semestres, bajo un modelo flexible e interdisciplinario que articula la formación teórica, metodológica y aplicada. Durante el primer y segundo semestre, las y los estudiantes adquieren las bases conceptuales y analíticas en torno a los estudios territoriales, la sustentabilidad social y los enfoques de género, así como las herramientas metodológicas necesarias para el desarrollo de su proyecto de investigación. En el tercer semestre se fortalece la especialización mediante seminarios temáticos vinculados con las LIIES y se avanza en el trabajo de campo y análisis de resultados. Y el cuarto semestre se orienta a la redacción, socialización y defensa del trabajo de tesis, consolidando así una formación integral que combina la reflexión crítica, la investigación científica y la vinculación social.